Ten sprzęt rozpozna wariant koronawirusa. Nowoczesna aparatura trafiła do pomorskiego Sanepidu

Do poniedziałku w województwie pomorskim potwierdzono 109 przypadków zakażeń wariantem Omikron SARS-CoV-2. Zdaniem dr. Macieja Merkisza, możliwość sekwencjonowania próbek jest szczególnie ważna w województwie pomorskim, które ze względu na swoją lokalizację i dogodne połączenia drogą powietrzną, lądową i morską z innymi częściami świata sprawia, że jego mieszkańcy są bardziej narażeni na kontakt z groźnymi wirusami. W kraju w urządzenia do sekwencjonowania wyposażonych jest obecnie 7 laboratoriów Państwowej Inspekcji Sanitarnej oraz laboratoria jednostek naukowo-badawczych.

- Dzięki wyposażeniu laboratorium WSSE w Gdańsku w specjalistyczną aparaturę badawczą o nazwie MiniSeq Seguencing System, wyniki sekwencjonowania RNA SARS-CoV-2 próbek z terenu naszego województwa będą znane bardzo szybko, co pozwoli na ocenę rozpowszechniania nowych wariantów w populacji niemal w czasie rzeczywistym - mówi dr Maciej Merkisz, Pomorski Wojewódzki Inspektor Sanitarno-Epidemiologiczny.

Mamy coraz więcej zakażeń Omikronem?

Obecnie w województwie pomorskim jest potwierdzonych 109 przypadków zakażeń wariantem Omikron SARS-CoV-2. Ze względu na to, że na Pomorzu pobiera się dużo wymazów i bada dużo próbek również ilość rozpoznawanych wariantów SARS-CoV-2- wcześniej Delta, teraz Omikron - jest stosunkowo duża na tle kraju.

A czy przeciętny Kowalski wie, jakie obowiązki w czasie pandemii ma Sanepid?

Myślę, że nie wie. Dlatego przypominam; w czasie pandemii organy Państwowej Inspekcji Sanitarnej monitorują sytuację epidemiologiczną oraz prowadzą działania przeciwepidemiczne. Nasza Stacja monitoruje rozwój pandemii na Pomorzu.

Na czym konkretnie to monitorowanie polega?

Na zbieraniu dokładnych informacji o każdym potwierdzonym przypadku zakażenia SARS-CoV-2 w celu ustalenia źródła zakażenia, charakterystyki przebiegu klinicznego, zakończenia choroby, możliwych dróg przenoszenia, tzw. populacji wrażliwej, czyli osób, które się nie zaszczepiły lub są bardziej podatne na zachorowanie np. ze względu na zaawansowanie czy choroby przewlekłe oraz obserwacji osób, które miały kontakt z zakażonym. Dzięki nowoczesnej aparaturze badawczej do sekwencjonowania RNA wirusa, w którą udało się wyposażyć ostatnio naszej laboratorium, eksperci będą otrzymywać więcej informacji o czynniku etiologicznym choroby. Warto tu dodać, że sekwencjonowaniu podajemy RNA wirusa, które wcześniej izoluje się z próbki wymazu pobranego od osoby, u której potwierdzono zakażenie.

Sekwencjonowanie w WSSE w Gdańsku dopiero się rozpoczęło. W trakcie jednego cyklu, który trwa trzy doby, można wykonać sekwencjonowanie do 96 próbek materiału genetycznego. Natomiast dzięki tym informacjom o czynniku etiologicznym choroby możliwa będzie analiza zależności pomiędzy konkretnym wariantem SARS-CoV-2 a przebiegiem zachorowań. Badania samego wariantu wirusa, w tym określenie jak łatwo przenosi się pomiędzy ludźmi, jaki ma wpływ na ciężkość zachorowań i w jakim stopniu skuteczne jest ochrona po szczepieniu - pozwalają przewidywać przebieg epidemii, ułatwiają prowadzenie dochodzenia epidemiologicznego i sprawowanie nadzoru epidemiologicznego, szczególnie w odniesieniu do ognisk epidemicznych.

A czego o wariancie koronawirusa nie byliście Państwo w stanie się do tej pory dowiedzieć?

Od początku epidemii obserwowane były zmiany w odniesieniu np. do głównych objawów czy grup wiekowych bardziej narażonych na ciężki przebieg zachorowania na COVOD-19, jednak bez sekwencjonowania i możliwości oznaczenia wariantów koronawirusów nie było możliwe skorelowanie tych zmian z pojawieniem się i rozpowszechnieniem kolejnych mutacji SARS-CoV-2.

Twierdzi Pan, że sekwencjonowanie RNA SARS-CoV-2 w znaczący sposób ułatwi monitorowanie sytuacji epidemiologicznej w województwie pomorskim oraz regionie Polski Północnej. Na czym to ułatwienie polega?

Dzięki wyposażeniu naszego laboratorium w tę specjalistyczną aparaturę, wyniki sekwencjonowania RNA SARS-CoV-2 próbek z terenu naszego województwa będą znane bardzo szybko, co pozwoli na ocenę rozpowszechniania nowych wariantów w populacji niemal w czasie rzeczywistym. Natomiast wyniki sekwencjonowania otrzymywane jeszcze w czasie trwania izolacji osób zakażonych SARS-CoV-2 umożliwią szybkie podjęcie działań przeciwepidemicznych w przypadku wykrycia wariantów alarmowych (np. zakończenia izolacji dopiero po uzyskaniu ujemnych wyników badań kontrolnych czy przeprowadzenie badań u osób z otoczenia chorego). Dzięki sekwencjonowaniu łatwiejsze staje się opracowanie ognisk epidemicznych - np. przy wykryciu różnych wariantów, można założyć, że te konkretne przypadki zakażeń nie są ze sobą powiązane.

Wyniki sekwencjonowania próbek materiału genetycznego wirusa pozwalają obserwować korelacje wariant alarmowy - przebieg kliniczny zakażenia u ludzi jak również śledzić transmisję zakażeń.

Dlaczego jest to ważne?

Szybkie wykrywanie wariantów alarmowych pozwala na wdrażanie adekwatnych działań przeciwepidemicznych. Możliwość sekwencjonowania próbek jest szczególnie ważna w województwie pomorskim, które ze względu na swoją lokalizację i dogodne połączenia drogą powietrzną, lądową i morską z innymi częściami świata, ale jednocześnie jego mieszkańcy są bardziej narażeni na kontakt z groźnymi wirusami. W Gdańsku znajduje się międzynarodowy port lotniczy oraz 4 największe polskie porty - w Gdańsku i w Gdyni (porty handlowe) oraz w Łebie i w Ustce (porty rybackie). Zarówno z Gdańska jak i Gdyni utrzymywane są stałe połączenia promowe z krajami nadbałtyckimi. Ponadto, w województwie pomorskim znajduje się 9 przejść granicznych dla ruchu osobowego i towarowego. Gdańsk, stolica województwa jest jednym z najbardziej atrakcyjnych turystycznie miast Polski, miejscem aktywnego wypoczynku mieszkańców i turystów. Atrakcyjność turystyczna Gdańska sprawia, że cały region odwiedzany jest przez licznych przyjezdnych z kraju i zza granicy, jak również jest miejscem spotkań wielu osobistości życia politycznego, gospodarczego i kulturalnego z całego świata. To wszystko jednocześnie potęguje zagrożenie.

Co to jest wariant alarmowy?

Wariant alarmowy to tak zmieniony w wyniku mutacji wirus SARS-COV-2, że jego rozpowszechnienie w populacji może mieć znaczący wpływ na sytuację epidemiologiczną w Europie lub na całym świecie. Warianty zaliczane są do grupy alarmowej na podstawie analizy dowodów dotyczących łatwości transmisji pomiędzy ludźmi, wpływu na ciężkość zachorowań i/lub ochrony przed zakażeniem danym wariantem, jaką dają szczepienia. Wojewódzka Stacja Sanitarno - Epidemiologiczna w Gdańsku jako jedna z pierwszych Wojewódzkich Stacji w Polsce przystąpiła do przekazywania materiału biologicznego do sekwencjonowania. Od początku programu badań największa liczba wariantów alarmowych Sars-Cov-2 jest rozpoznawana właśnie w województwie pomorskim. WSSE w Gdańsku otrzymała również zaproszenie od Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego - PZH - PIB do udziału w monitorowanym przez Ministra Zdrowia i Głównego Inspektora Sanitarnego projekcie wdrożeniowym, który ma być wstępem do opracowania systemu nadzoru nad występowaniem Sars-Cov-2 w ściekach dużych aglomeracji w Polsce.

Ile laboratoriów prowadzi na Pomorzu diagnostykę molekularną w kierunku SARs -CoV - 2?

Według ministerialnego wykazu laboratoriów sieci COVID w województwie pomorskim znajduje się łącznie z naszym 14 laboratoriów. Współpracujemy z innymi laboratoriami prowadzącymi diagnostykę molekularną w kierunku SARs-CoV-2 w województwie pomorskim - w zakresie pozyskiwania do sekwencjonowania zarówno próbek reprezentatywnych (będących wynikiem codziennego losowania określonej puli, której wielkość jest obliczona w taki sposób, aby korelowała z ustalonym poziomem rozpowszechnienia nowego wariantu w populacji) oraz próbek celowanych (wybieranych z uwzględnieniem przebiegu klinicznego zachorowań na Covid-19, stanu zaszczepienia, wcześniejszych infekcji i podróży do rejonów występowania wariantów alarmowych u osób zakażonych SARS-CoV-2 oraz rozwoju ognisk epidemicznych).

Jakie to ma znaczenie dla przebiegu epidemii w Pomorskiem?

Wprowadzenie w WSSE w Gdańsku nowoczesnych technik sekwencjonowania RNA Sars-Cov-2 poprzez identyfikację wariantów alarmowych wirusa Sars-Cov-2 ułatwi analizy epidemiologiczne i przyśpieszy działania przeciwepidemiczne. W przyszłości sprzęt będzie stosowany do sekwencjonowania materiału genetycznego innych drobnoustrojów, w ramach opracowywania ognisk epidemicznych zakażeń i chorób zakaźnych, przede wszystkim ognisk zakażeń szpitalnych i ognisk chorób przenoszonych drogą pokarmową.